Zahlreiche Aktivitäten und Angebote im handwerklichen Bereich zeichnen das Schulprofil des Gymnasiums Marquartstein aus. Das Projekt „Schreinerausbildung und Abitur“ ist an bayerischen Gymnasien sicherlich einzigartig. Interessierte und leistungsstarke Schülerinnen und Schüler erhalten die Möglichkeit, auf dem Weg zum Abitur eine Schreinerlehre zu absolvieren – ein Angebot, das eng an das pädagogische Konzept des Schulgründers Hermann Harless angelehnt ist, der dem Landschulheim Marquartstein ein ganzheitliches Erziehungskonzept zu grunde gelegt hat. An diesem Projekt können wegen der höheren schulischen Belastung nur Schüler mit einer insgesamt sehr guten, guten oder befriedigenden Leistungsbilanz teilnehmen.

Die Schreinerausbildung beginnt ab der 8. Jahrgangsstufe. Neben dem regulären Unterricht besuchen die an diesem Projekt teilnehmenden Schüler an bestimmten Nachmittagen den Berufsschulunterricht, der in der Regel in den Schulräumen des LSH Marquartstein stattfindet. Ferner absolvieren sie in den Ferien diverse Praktika in unterschiedlichen Schreinereibetrieben. Gleichzeitig mit dem Abitur legen die teilnehmenden Schüler auch die Gesellenprüfung ab, so dass die Abiturienten bei Bestehen ihrer Prüfungen mit dem Abiturzeugnis auch das Zeugnis einer abgeschlossenen Schreinerausbildung in Händen halten.

Die Verknüpfung von Gymnasium und Berufswelt eröffnet den Absolventen zusätzliche Perspektiven und größere Chancen auf dem Arbeitsmarkt.