Das Gymnasium LSH Marquartstein bietet einen sprachlichen Zweig (mit den Fremdsprachen Latein, Englisch und Französisch) sowie einen naturwissenschaftlich-technologischen Zweig mit einer Schwerpunktsetzung in den Fächern Physik, Chemie und Informatik.
Bei den Fremdsprachen können unsere Schülerinnen und Schüler in der 5. Jahrgangsstufe Latein oder Englisch wählen. Wer mit Latein beginnt, lernt in der 6. Jahrgangsstufe Englisch. Wer mit Englisch begonnen hat, hat in der 6. Jahrgangsstufe die Wahl zwischen Latein oder Französisch. In der 8. Jahrgangsstufe können Schülerinnen und Schüler, die bisher Englisch und Latein gelernt haben, Französisch im sprachlichen Zweig als 3. Fremdsprache belegen. Zusätzlich gibt es für alle die Möglichkeit, in der 11. Jahrgangsstufe Spanisch als spät beginnende Fremdsprache zu wählen.